Wajib Pajak diberikan hak untuk mengajukan keberatan kepada Direktur Jenderal Pajak atas ketetapan yang dianggap tidak sesuai. Keberatan yang diajukan adalah mengenai materi atau isi dari ketetapan pajak, yaitu jumlah rugi berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan, jumlah besarnya pajak, atau pemotongan atau pemungutan pajak. Pengajuan dilakukan paling lambat 3 bulan sejak diterbitkannya ketetapan pajak. Selanjutnya, Dirjen Pajak akan melakukan beberapa prosedur penyelesaian terkait keberatan yang diajukan yang diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 9/PMK.03/2013 s.t.d.t.d PMK-202/PMK.03/2015.
Setelah permohonan diterima lengkap, Dirjen Pajak akan melakukan peminjaman buku, catatan, informasi dan data lainnya berkaitan dengan materi yang diajukan keberatan. Peminjaman dokumen wajib dipenuhi paling lama 15 hari kerja setelah surat permintaan dikirim. Jika belum dipenuhi hingga batas tersebut terakhir, Wajib Pajak akan dikirimkan surat permintaan yang kedua dan harus dipenuhi paling lama 10 hari kerja.
Dirjen Pajak juga berwenang untuk meminta Wajib Pajak maupun pihak ketiga untuk memberikan keterangan. Dirjen Pajak juga dapat melakukan peninjauan langsung ke tempat Wajib Pajak, memanggil Wajib Pajak untuk melakukan pembahasan dan klarifikasi yang akan diberitahukan lewat surat panggilan 10 hari kerja sebelumnya. Tidak hanya itu, Dirjen Pajak juga dapat melakukan pemeriksaan untuk tujuan lain sehubungan dengan pengajuan keberatan.
Proses penyelesaian keberatan selanjutnya adalah pemanggilan Wajib Pajak. Dirjen Pajak akan meminta Wajib Pajak untuk hadir memberikan keterangan atau memperoleh penjelasan mengenai keberatan melalui Surat Pemberitahuan Untuk Hadir (SPUH). SPUH dikirimkan kepada Wajib Pajak dengan dilampiri pemberitahuan daftar hasil penelitian keberatan dan formulir surat tanggapan hasil penelitian keberatan.
Dari hasil laporan penelitian keberatan, Dirjen Pajak memberikan keputusan atas keberatan yang diajukan. Keputusan diberikan paling lama 12 bulan sejak tanggal surat keberatan diterima. Jika tidak diberikan keputusan melebihi jangka waktu tersebut, keberatan dianggap dikabulkan dan Dirjen Pajak wajib menerbitkan keputusan sesuai dengan yang diajukan dalam jangka waktu 1 bulan sejak jangka waktu 12 bulan berakhir.
